«فقه جعفری» در برابر فقه فقیهان رسمی روزگار امام صادق (ع) تنها تجلی بخش یک اختلاف عقیده دینی ساده نبود، بلکه در عین حال دو مضمون متعرضانه را نیز با خود حمل می کرد:
نخستین و مهمترین آن دو، اثبات بی نصیبی دستگاه حکومت از آگاهیهای لازم دینی و ناتوانی آن از اداره امور فکری مردم - یعنی در واقع، عدم صلاحیتش برای تصدی مقام «خلافت» - بود.
و دیگری، مشخص ساختن موارد تحریف دین در فقه رسمی که ناشی از مصلحت اندیشی غیر اسلامی فقیهان وابسته در بیان احکام فقهی و ملاحظه کاری آنان در برابر تحکم و خواست قدرتهای حاکم بود. امام صادق (ع) با گستردن بساط علمی و بیان فقه و معارف اسلامی و تفسیر قرآن به شیوه‏ای غیر از شیوه عالمان وابسته به حکومت، عملاً به معارضه با آن دستگاه برخاسته بود آن حضرت بدین وسیله تمام تشکیلات مذهبی و فقاهت رسمی را که یک ضلع مهم حکومت خلفا به شمار می آمد، تخطئه می کرد و دستگاه حکومت را از وجهه مذهبی اش تهی می ساخت.
در مذاکرات و آموزشهای امام به یاران و نزدیکانش، بهره‏گیری از عامل «بی نصیبی خلفا از دانش دین» به عنوان دلیلی بر اینکه از نظر اسلام، آنان را حق حکومت کردن نیست، بوضوح مشاهده می شود؛ یعنی اینکه امام همان مضمون متعرضانه‏ای را که درس فقه و قرآن او را دارا بوده، صریحا نیز در میان می گذارده است. در حدیثی از آن حضرت چنین نقل شده است:
«نَحْنُ قَوْمٌ فَرَضَ اللَّهُ طَاعَتَنَا وَ أَنْتُمْ تَأْتَمُّونَ بِمَنْ لَا یُعْذَرُ النَّاسُ بِجَهَالَتِهِ» 
«ما کسانی هستیم که خداوندفرمانبری از آنان را فرض و لازم ساخته است، در حالی که شما از کسی تبعیت می کنید که مردم به خاطر جهالت او در نزد خدا معذور نیستند»
یعنی، مردم که بر اثر جهالت رهبران و زمامداران نااهل دچار انحراف گشته به راهی جز راه خدا رفته‏اند، نمی توانند در پیشگاه خدا به این عذر متوسل شوند که: «ما به تشخیص خود راه خطا را نپیمودیم، این پیشوایان و رهبران ما بودند که از روی جهالت، ما را به این راه کشاندند!» ، زیرا اطاعت از چنان رهبرانی، خود، کاری خلاف بوده است، پس نمی تواند کارهای خلاف بعدی را توجیه کند.