میزان و عمق دَم در حرکت دادن آب قلیان بسیار مهم است و قلیان با وجود اینکه کمتر مصرف می ‌شود، اما حجم دودی که از طریق آن وارد بدن می‌ شود، ١٠ تا ٢٠ برابر دود ناشی از مصرف سیگار است.

 سایر خطراتی که در کشیدن سیگار مشاهده نمی شود، ولی در کشیدن قلیان وجود دارد، بیماری‌های عفونی مثل هپاتیت ب (در اثر استفاده مشترک از شیلنگ قلیان) و افزودن الکل یا داروهای روان‌گردان به تنباکوی قلیان است.

تحقیقات همچنین نشان داده است که پس از ٤٥ دقیقه استفاده از دود قلیان، مونوکسید کربن، نیکوتین پلاسما و ضربان قلب به شدت بالا می‌رود.

استفاده از قلیان در کنار سرطان ریه با افزایش احتمال ابتلا به سرطان دهان و مثانه نیز همراه است.

یک تحقیق نشان داده است که کشیدن قلیان خطر ابتلا به سل ریوی را افزایش می‌دهد.

مخصوصاً کودکان در مقابل تاثیرات مضر قلیان آسیب‌پذیر هستند. اگر در محلی باشند که در آن قلیان کشیده می‌شود، احتمال ایجاد عفونت‌های ریوی، آسم و سندرم مرگ ناگهانی کودک در آنها افزایش می‌یابد.

متأسفانه به اکثر تنباکو‌هایی که در سال های اخیر به بازار آمده اسانس‌هایی اضافه می‌ شود که این اسانس ها علاوه بر تحریک دستگاه تنفس موجب حساسیت و آلرژی می‌ گردد، بنابراین علاوه بر بیماری‌های ذکر شده، رینیت آلرژیک و سرفه‌های مزمن همراه با خلط را برای فرد به همراه دارد.

 این تصور، تصوری کاملاً غلط است که اگر دود قلیان وارد ریه نشود و فقط از راه دهان خارج شود، آسیبی به ریه‌ها نمی رساند، چون دود از طریق مخاط دهان و حنجره جذب بدن گشته و آثار سوء خود را می ‌گذارد.

حتی در هوایی که دود قلیان آزاد می ‌شود، افرادی که قلیان نمی‌ کشند و در معرض دود قرار گرفته اند، در طولانی‌ مدت دچار عوارض آن خواهند شد.

اگر فویل آلومینیومی که در قلیان استفاده می‌شود کیفیت خوبی نداشته باشد، با زغال در حال سوختن واکنش داده و موادسرطان‌زایی تولید می‌کند که موجب سرطان می‌شود.

 افرادی که قلیان می‌کشند باید از این واقعیت مطلع باشند که دود قلیان چون از آب رد می‌شود و مرطوب است مدت زمان بیشتری در ریه‌ها می‌ماند. برخی میکروب‌ها، عمدتاً باکتری‌هایی که موجب سل می‌شوند، در لوله قلیان وجود دارند.