دوران امامت حضرت هادی علیه السّلام اوج پیدایش مکتبهای گوناگون عقیدتی بود، که فضای باز فکری پدید آمده از سوی حکومت عباسی زمینه آن را فراهم می‌ساخت. این گروهها عبارت بودند از:

1. غلات: این گروه عقاید تند و انحرافی داشتند. آنان در توصیف امام راه مبالغه در پیش گرفتند و او را تا حد الوهیت و پرستش بالا بردند. همچنین با بهره‌گیری از عقاید انحرافی، بسیاری از واجبات الاهی را حرام و بسیاری از گناهان کبیره را بر خود حلال شمردند و با بدعتهای گوناگون در دین به خواسته‌های نفسانی خود رنگ شرعی و دینی دادند.
سران این فرقه در دوران امام هادی علیه السّلام از این قرار بودند: فارس بن حاتم، حسن بن محمد مشهور به ابن بابای قمی، قاسم بن یقطین، و محمد بن نصیر نمیری. امام با موضع‌گیری صریح و جدی، از آنان برائت جست، و حتی دستور قتل یکی از آنان را صادر کرد.
ایشان در پاسخ شیعیان که از عقاید منحرف علی بن حسکه پرسیده بودند، چنین نگاشت: «ابن حسکه- نفرین خدا بر او باد- دروغ‌گویی بیش نیست، و من او را در شما و دوستان و شیعیان خود نمی‌پندارم. خدا او را لعنت کند ….
من از کسی که چنین سخنانی می‌گوید بیزاری می‌جویم و از چنین گفته‌هایی به خدا پناه می‌برم. شما نیز از آنان برائت و بیزاری جویید و آنان را در فشار قرار دهید». امام در ادامه دستور قتل آنان را صادر می‌کند.
2. صوفیه: از دیگر عقاید انحرافی این دوران، که با رخنه در جامعه اسلامی سبب بدنامی شیعه و تشویش افکار عمومی جامعه شد «تصوف» بود. پیروان این عقاید با ارائه چهره‌ای عارف، زاهد، خداپرست و بی‌میل به دنیا، مردم را گمراه می‌ساختند و در حقیقت در پی اغراض سودجویانه خود بودند.
امام با واکنشهای سریع این توطئه عقیدتی را خنثا می‌ساخت. روزی امام با یاران خود در مسجد النبی نشسته بودند. گروهی از صوفیه وارد شدند و در گوشه‌ای از مسجد نشسته، دور هم حلقه زدند و با حالت ویژه خود مشغول تهلیل شدند. امام با دیدن اعمال فریبکارانه آنان به یاران خود فرمودند: «به این جماعت حیله‌گر و دورو توجهی نکنید. اینان هم‌نشینان شیاطین و ویران‌کنندگان پایه‌های استوار دین‌اند. برای رسیدن به اهداف تن‌پرورانه و رفاه‌طلبانه، چهره‌ای زاهدانه از خود نشان می‌دهند، و برای به دام انداختن مردم ساده‌دل، شب‌زنده‌داری می‌کنند …. هرکس به دیدار آنان برود … گویی به زیارت شیطان و همه بت‌پرستان رفته است …».
3. واقفیه:واقفیه نیز از دیگر فرقه‌های انحرافی دوران امام هادی علیه السّلام بودند که امامت امام علی بن موسی الرضا علیه السّلام را نپذیرفتند و در امامت امام موسی بن جعفر علیه السّلام متوقف شدند، و با انکار امامان پس از او و موضع‌گیری در برابر امامان، مردم را از پیروی ایشان باز می‌داشتند.
امام هادی علیه السّلام عقاید انحرافی آنان را باطل شمرد و مانند غلات و صوفیان آنان را لعن و نفرین کرد. امام در پاسخ نامه ابراهیم بن عقبه که از امام پرسید: آیا اجازه دارم در قنوت نمازهایم آنان را لعن و نفرین کنم، به صراحت پاسخ مثبت داد.
برخورد با عقاید انحرافی مجسمه که به رؤیت حسی خداوند عقیده داشتند نیز از دیگر مبارزات فرهنگی امام به شمار می‌آید.