در آخرین روزهای عمر نائب چهارم در نامه ای از امام مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف خطاب به او چنین آمده بود: 

«بسم الله الرحمن الرحیم ای علی بن محمد سمری، خداوند در مصیبت وفات تو، به برادران دینی ات، پاداش بزرگ کرامت فرماید؛ چرا که تو تا شش روز دیگر به سرای باقی خواهی رفت. از این رو به کارهایت رسیدگی کن و درباره جانشین پس از خود به کسی وصیت مکن! زیرا که دوره غیبت کامل ]و طولانی[ فرا رسیده است و از این پس ظهوری ]برای من [نخواهد بود مگر پس از فرمان الهی و آن پس از گذشت مدتی دراز خواهد بود که دلها را سختی و قساوت فراگیرد و زمین از ظلم و ستم پر گردد… »

بنابراین با وفات آخرین نائب خاص امام دوازدهم در سال ۳۲۹ هجری قمری، دوره غیبت طولانی که به «غیبت کبری» معروف است، آغاز شد و این دوران همچنان ادامه دارد تا روزی که به خواست خداوند ابرهای غیبت، کنار رود و جهان از پرتو مستقیم خورشید فروزان ولایت، بهره مند گردد. 

همانگونه که گذشت در دوره غیبت صغری، شیعیان به وسیله نائبان خاص با امام خود رابطه داشتند و با تکالیف الهی خود آشنا می‌شدند ولی در دوران غیبت کبری این نوع ارتباط قطع گردیده و مردم مؤمن برای شناخت وظایف دینی خود تنها به نائبان عام آن حضرت که همان عالمان دینی وارسته و مراجع بزرگ تقلید هستند مراجعه می‌کنند و این جریان، مسیر روشنی است که امام مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف خود در نامه ای به یکی از چهره‌های مورد اعتماد شیعه، ترسیم فرمود. در فرازی از این نامه که توسّط دومین نائب خاص امام ابلاغ شد چنین آمده است:

«وَاَمَّا الْحَوادِثُ الْواقِعَةِ فَارْجِعُوا فیها اِلی رُواةِ حَدیثِنا فَاِنَّهُم حُجَّتی عَلَیکُم وَأَنَا حُجَّةُ اللّهِ عَلَیهم… و اما در مورد رویدادهایی که ]در آینده[ رخ خواهد داد ]و برای شناخت وظیفه الهی خود در شرایط گوناگون[ به راویان حدیث ما ]= فقها[ رجوع کنید. زیرا آنها حجّت من بر شما هستند و من حجّت خدا بر آنان هستم… » 

این راهکار جدید برای پاسخ گویی به پرسشهای دینی و مهم تر از آن شناخت وظیفه فردی و اجتماعی شیعیان در دوره غیبت کامل امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف گویای این واقعیت است که نظام مترقّی امامت و رهبری در فرهنگ شیعه، نظامی پویا و زنده است که در شرایط مختلف، امر هدایت و رهبری مردم را به استوارترین روش، انجام داده است و در هیچ  دوره ای پیروان مکتب را بدون یک سرچشمه هدایتگر رها نکرده است بلکه سررشته امور آنها را در زوایای مختلف زندگی فردی و جمعی به دست با کفایت عالمان دین شناس و پرهیزگار که امانتدار دین و دنیای مردم هستند، سپرده است تا کشتی جامعه اسلامی را در دریای پر تلاطم و طوفانی جهان و سیاست‌های سیاست بازان استعمار از افتادن در گرداب حوادث حفظ کرده و مرزهای اعتقادی شیعیان را پاسداری کنند. 

امام هادی علیه السلام در بیان نقش علمای دینی در زمان غیبت فرمود: 

«اگر نبودند علمایی که پس از غیبت امام مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف، مردم را به سوی آن حضرت بخوانند و آنها را به سوی امامشان هدایت کنند و با حجت‌ها و دلیل‌های محکم الهی از دین او ]که دین خداست[ حمایت کنند و اگر نبودند آن عالمان هوشیار که بندگان خدا را از دام‌های شیطان و شیطان صفتان و از ]دشمنی های[ دشمنان اهل بیت علیهم السلام نجات می‌دهند، هیچ کس نمی ماند مگر اینکه از دین خدا بیرون می‌رفت!! ولی ایشان هستند که سررشته دل‌ها ]و افکار و عقاید [شیعیان را با استواری در دست دارند آنچنان که کشتی بان، سکّان کِشتی را به دست می‌گیرد. آن عالمان، برترین ]بندگان[ نزد خداوند متعال هستند. »

نکته ای که قابل توجه است شرایط و خصوصیاتی است که رهبری جامعه باید دارا باشد. زیرا که سپردن اختیار امور مردم در دین و دنیا به فرد یا افرادی که عهده دار این مسئولیت بزرگ می‌شوند باید همراه با دقت نظر و تشخیص صحیح و دقیق باشد. به همین جهت پیشوایان معصوم علیهم السلام، ویژگیهای فوق العاده ای را برای مرجع دینی و بالاتر از آن، مقام ولایت امر مسلمین که به «ولی فقیه» معروف است، بیان کرده اند. 

امام صادق علیه السلام فرمود: 

«از میان فقها و عالمان دین آنکس که ]در برابر هر گناهِ کوچک یا بزرگ[ خود نگهدار بوده و نگهبان دین و آیین ]و اعتقادات خود و مردم[ باشد و با خواسته‌ها و تمایلاتِ شخصی خود مخالفت کرده و از دستورات مولا ]و امام عصر[ خود اطاعت کند، بر مردم است که از او پیروی کنند. و بعضی از فقهای شیعه چنین هستند نه همه آنان. »