فوکاياما در کنفرانسی که در اورشليم برگزار شد به ترسيم انديشه سياسی شيعه پرداخت. او در اين کنفرانس که بازشناسی هويت شيعه نام داشت می گويد: « شیعه پرنده ای است که افق پروازش خیلی بالاتر از تیرهای ماست، پرنده ای است که دو بال دارد. یک بال سبز و یک بال سرخ ». این مطالب را وی در اوج پیروزی های ما در سال 1365 می گوید و ادامه می دهد: «بال سبز این پرنده همان مهدویت و عدالت خواهی اوست چون شیعه در انتظار عدالت به سر می برد، امیدوار است و انسان امیدوار هم شکست ناپذیر است نمی توانید کسی را تسخیر کنید که مدعی است فردی خواهد آمد که در اوج ظلم و جور، دنیا را پر از عدل داد خواهد کرد». بر اساس نظریه فوکایاما بال سبز شیعه همان فلسفه انتظار یا عدالت خواهی است. او می گوید: «بال سرخ شیعه، شهادت طلبی است که ریشه در کربلا دارد و شیعه را فنا ناپذیر کرده است» شیعه با این دو بال افق پروازش خیلی بالاست و تیرهای زهراگین سیاسی، اقتصادی، اجتماعی ، فرهنگی، اخلاقی و … به آن نمی رسد. آن نقطه که خیلی اهمیت دارد بعد سوم شیعه است می گوید: «این پرنده زرهی بنام ولایت پذیری بر تن دارد که آنها را شکست ناپذیر نموده است» در بین کلیه مذاهب اسلامی، شیعه تنها مذهبی است که نگاهش به ولایت، فقهی است؛ یعنی فقیه می تواند ولایت داشته باشد. این نگاه، برتر از نظریه نخبگان افلاطون است. فوکایاما معتقد است: «ولایت پذیری شیعه که بر اساس صلاحیت هم شکل می گیرد، او را تهدید ناپذیر کرده است» در توضیح فنا ناپذیری شیعه می گوید: « شیعه با شهادت دو چندان می شود. شیعه عنصری است که هر چه او را از بین ببرند بیشتر می شود» و جنگ ایران و عراق را مثال می زند. سال 1364 می گوید: « این ها فاو را تسخیر کردند می روند کربلا را هم بگیرند، اینجا (قدس) را هم قطعاً می گیرند». پیشنهاد می کند که با امتیاز دادن به ایران، جنگ را متوقف کنید. وی پس از پایان جنگ، یک مهندسی معکوس برای شیعه و یک مهندسی صحیح برای خودشان نوشت. مهندسی معکوس برای شیعیان ایران این است که ابتدا ولایت فقیه را بزنید. تا این را نزنید نمی توانید به ساحت قدسی کربلا و مهدی تجاوز کنید. وی نظریه ای با عنوان «میکروپولتیک میل ها و میکروفیزیک قدرت» ارائه می دهد و می گوید برای پیروزی بر یک کشور باید «میل مردم» را تغییر دهیم اگر میل مردم از شهادت طلبی، ایثار، جوانمردی و دهها عاملی که به عنوان فرهنگ شکل گرفته است به رفاه طلبی، غرب زدگی و … تغییر نیابد مانند این است که آب در هاون می کوبید. این میل ها هم تغییر نمی کنند مگر این که ارکان یک قدرت از آن حمایت کند. وی راه برخورد با این جریان را تضعیف ولایت فقیه می داند. او می گوید در صورت تضعیف ولایت فقیه، رفاه طلبی جای شهادت طلبی را می گیرد و پس از آن اندیشه عدالتخواهی و انتظار نیز از جامعه رخت بر می بندد. فرآیند «فروپاشی ایدئولوژیک» در پروژه «ناتوی فرهنگی» یک اصل بنیادین دارد که در هر دوره تاریخی به شکلی ظهور می کند. او کلید این فروپاشی را «نابودی روحیه مقاومت» در میان ایرانیان دانست و گفت که «برای پیروزی بر یک ملت باید میل و ذائقه مردم را تغییر داد» و کافی است «شهادت طلبی این ها را به رفاه طلبی تبدیل کنید».