یکی دیگر از مظاهر زندگی روحانی امام رضا علیه السّلام این است که وی در مناجات با خدا از دعا به مثابه یک حربه استفاده می‌نمود و در تمام امورش به آن اشاره می‌کرد، چرا که در دعا و تضرّع سودی معنوی یافته بود که هیچ سودی در زندگی با آن برابری نمی‌کرد. جملاتی از دعاهای او را در رابطه با درخواست مهم ذکر خواهیم کرد.

امام رضا علیه السّلام به اصحابش مکرر توصیه می‌کرد از خدا درخواست کنند و به آنها می‌فرمود: به سلاح پیامبران متصل و متوسل شوید. از اوپرسیدند: سلاح پیامبران چیست؟ امام در پاسخ فرمود: دعا.

دعای مخفی‌
امام رضا علیه السّلام به اصحابش توصیه می‌کرد که دعاهای خود را مخفی کنند و می‌فرمود: مرد باید درخواست خود را به مولایش محرمانه بگوید تا کسی از آن باخبر نگردد.
و در جایی دیگر فرموده است: دعای مخفی یک بنده برابر با 70 دعای آشکار است.

پژوهشی دقیق در زندگانی امام رضا علیه السلام - باقر شریف قرشی